Từ thời Thanh trở về trước

Việc di dân người Hán khai phá Kim Môn đã bắt đầu từ thời nhà Tấn theo tham khảo trong sử liệu. Căn cứ theo "Kim Môn chí" thời Thanh, vào thời Tấn có 6 gia tộc: Tô, Trần, Ngô, Thái, Lã, Nhan do muốn tránh chiến họa nên đã di cư đến Kim Môn. Năm Trinh Nguyên thứ 19 (803), triều đình nhà Đường đã thiết lập 5 mục mã trường tại Tuyền Châu, Ngô Châu là một trong số đó, Trần Uyên (陳淵) nhậm chức mục mã giám, đó là cơ cấu hành chính đầu tiên thiết lập trên đảo Kim Môn. Mười hai họ: Thái, Hứa, Ông, Lý, Trương, Hoàng, Vương, Lã, Lưu, Hồng, Lâm, Tiêu theo Trần Uyên đến đảo khai khẩn, Trần Uyên vì thế mà được tôn là "khai Ngô ân chủ" (開浯恩主).

Kim Môn (xưa gọi là Ngô Châu) dựa vào sản xuất muối, trải qua thời Ngũ Đại Thập Quốc và các triều đại Nguyên, Minh và Thanh, người dân đã tạo nên rất nhiều ruộng muối quanh vịnh Kim Sa ở bán đảo Kim Môn Đông. Năm Hồng Vũ thứ 28 (1387), Minh Thái Tổ Chu Nguyên Chương đã lệnh cho Giang Hạ hầu Chu Đức Hưng (周德興) đi kinh lược vùng duyên hải Phúc Kiến, tổng cộng thiết lập 5 vệ và 12 sở. Kim Môn thủ ngự thiên hộ sở là một trong 12 sở, quân Minh gọi Kim Môn là "Trung tả sở", thuộc quyền cai quản của bốn tuần kiểm tư là Phong Thượng, Quan Áo, Điền Phổ, Trần Khanh, sau tăng thêm Liệt Tự tuần kiểm tư. Do Kim Môn che chắn cho vùng cửa biển đông nam Phúc Kiến, tên gọi Kim Môn bắt nguồn từ ý "cố nhược kim thang, hùng trấn hải môn".

Thời kỳ Nam Minh, Kim Môn trên thực tế do chính quyền Trịnh Thành Công khống chế. Lỗ vương Chu Dĩ Hải (朱以海) nguyên là giám quốc của Nam Minh, sau khi trốn thoát khỏi quân Thanh đã vượt biển sang nương nhờ Trịnh Thành Công, tới Kim Môn vào năm 1651. Quân Thanh công chiếm Kim Môn vào năm 1663,[9] sau đó triều Thanh đã cho thi hành thiên giới lệnh (遷界令), cưỡng chế cư dân di dời đến những vùng đất cách bờ biến ngoài 30 lý, trên đảo vì thế không còn một bóng người. Từ năm 1674 đến 1679, họ Trịnh tái chiếm Kim Môn, lấy quần đảo làm căn cứ cho việc tiến hành các hoạt động quân sự tại nội lục. Năm 1680, quân Thanh lần thứ hai công chiếm Kim Môn. Năm 1683, sau khi quân Thanh công chiếm Đài Loan, đã thực thi phục giới, những cư dân từng phải dời đi do thiên giới và hậu duệ của họ dần dần trở lại nguyên tịch.

Thời kỳ Trung Hoa Dân Quốc

Năm 1914, huyện Tư Minh (nay là Hạ Môn) được phân ra từ huyện Đồng An, Kim Môn phân thuộc thuộc quyền cai quản của huyện Tư Minh. Sang năm 1915, chính phủ Quốc dân thành lập huyện Kim Môn độc lập, quản lý các đảo Đại Kim Môn, Tiểu Kim Môn, Đại Đặng, Tiểu Đặng cùng các đảo xung quanh. Năm 1933, sau khi xảy ra Mân biến, Kim Môn do Trung Hoa Cộng hòa quốc chiếm giữ trong thời gian chính quyền này tồn tại, thuộc tỉnh Hưng Tuyền. Trong chiến tranh Trung-Nhật, vào năm 1937, quân Nhật chiếm lĩnh Kim Môn, chính phủ huyện Kim Môn của Trung Hoa Dân Quốc tạm thời dời đến hương Đại Đặng. Sau khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai, Trung Hoa Dân Quốc thu hồi Kim Môn, thiết lập 2 trấn và 4 hương, sang năm 1946 thì sắp xấp lại thành 2 trấn và 2 hương.

Sau Nội chiến Trung Quốc lần hai, năm 1949, chính quyền Trung Hoa Dân Quốc thiết lập bốn khu công sở là Kim Thành, Sa Mỹ, Liệt Tự, Đại Đặng tại Kim Môn. Đến tháng 10, Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc tiếp quản toàn diện Kim Môn. Từ ngày 25-27 tháng 10 năm 1949, tại Đại Kim Môn đã diễn ra chiến dịch Cổ Ninh Đầu, Giái phóng quân đã thất bại với thiệt hại theo ước tính của Trung Hoa Dân Quốc là 4.000 lính chết và 7.000 lính bị bắt.[11] Kết quả của cuộc chiến này không chỉ làm tiêu tan tham vọng xâm chiếm Kim Môn và vượt biển xâm chiếm Đài Loan của Giải phóng quân mà còn phục hồi tinh thần chiến đấu của Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc.[11]

Đến tháng 11 năm 1949, sau khi kết thúc chiến tranh, Trung Hoa Dân Quốc triệt tiêu huyện Kim Môn, phân quần đảo thành ba khu là Kim Đông, Kim Tây và Liệt Tự, mỗi khu thiết lập một dân chính xứ để quản lý hành chính địa phương, được chia tiếp thành 9 khu công sở: Thành Sương, Kim Thành, Kim Bàn, Thương Hồ, Bích Hồ, Kim Sa, Liệt Tự, Cổ Ninh, Quỳnh Phổ. Tháng 3 năm 1950, ba dân chính xứ hợp thành "Kim Môn quân quản khu hành chính công thự". Tháng 7 năm 1951, Kim Môn được phân lại thành 5 khu: Kim Thành, Kim Ninh, Kim Hồ, Kim Sa, Liệt Tự. Đến tháng 12 năm 1951, Kim Môn có thêm hương Kim Sơn, tổng cộng có 6 khu. Tháng 2 năm 1953, Kim Môn kết thúc chế độ quân quản, chính quyền huyện Kim Môn được khôi phục, các khu được đổi thành hương và trấn, Kim Môn có 3 hương và 3 trấn.

Tháng 6 năm 1954, địa khu Ô Khâu của huyện Phủ Điền được chuyển thành một hương, được chỉ định do huyện Kim Môn tạm thời quản lý. Lúc này, huyện Kim Môn tổng cộng có: trấn Kim Thành, trấn Kim Sa, hương Kim Ninh, hương Kim Hồ, hương Kim Sơn, hương Liệt Tự, hương Ô Khâu. Năm 1959, thành lập thêm hương Kim Quỳnh, đồng thời đổi Kim Hồ thành trấn. Tháng 9 năm 1965, triệt tiêu hương Kim Sơn và hương Kim Quỳnh.

Từ ngày 23 tháng 8 đến 5 tháng 10 năm 1958, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa tuyên bố "đoàn kết với cuộc đấu tranh chống xâm lược của nhân dân Trung Đông", phát động pháo kích Kim Môn, hay "Khủng hoảng eo biển Đài Loan lần hai", tổng cộng phía Giải phóng quân đã bắn hơn 47 vạn đạn pháo vào quần đảo Kim Môn, ngoài pháo kích ra, hai bên tổng cộng phát sinh hơn 20 lần hải chiến.[11] Sau đó, vỏ đạn pháo đã trở thành một nguồn nguyên liệu tái chế phục vụ cho ngành sản xuất thép tại Kim Môn, Kim Môn trở nên nổi tiếng với sản phẩm dao phay được làm từ vỏ đạn pháo Trung Quốc.

Năm 1979, Hoa Kỳ và Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thiết lập quan hệ ngoại giao, Trung Quốc đại lục tuyên bố rằng họ sẽ đình chỉ pháo kích vào Đại, Tiểu Kim Môn và các đảo khác, chấm dứt 21 năm pháo chiến tại Kim Môn. Ngày 18 tháng 10 năm 1995, vườn quốc gia Kim Môn được thành lập, trở thành vườn quốc gia thứ sáu của Trung Hoa Dân Quốc. Ngày 3 tháng 2 năm 2004, tuyến hàng hải Kim Môn-Hạ Môn đã được mở, bắt đầu tiểu tam thông giữa hai bên.